La profesora Alvarado es Diseñadora de Interiores y Muebles, U. de Chile (1975), Licenciada en Estética PUC (1986) Y Doctorada en estudios Latinoamericano, U. de Chile (2014). Es profesora del Instituto desde 1992 e Investigadora del Centro de Estudios Interculturales e Indígenas (ICIIS) , P.U.C. y se ha desempeñado como docente e investigadora en la línea de Etnoestética: arte y culturas indígenas americanas y chilenas, imaginarios, imágenes y representación de los nativos americanos, fotografía e identidades étnicas americanas. Entre sus actividades, cabe destacar su participación como Presidenta del Comité Nacional de Conservación Textil (1995–1997), sus labores como Investigador Colaborador del Museo Nacional de Historia Natural de Santiago entre 1987 y 1999 y su trabajo como curadora en diversas muestras de fotografía en Chile y el extranjero.
Entre sus proyectos de investigación se encuentran: La fotografía mapuche como factor de configuración de la identidad étnica, (Fondecyt, 1998); Iconos de la identidad grupal mapuche: representación, montaje y discursos de un imaginario, (Fondecyt, 2000); Fotografías del fin del mundo: construcción imaginaria del indígena fueguino como sujeto histórico (1880 – 1930), (Fondecyt, 2003); La ventana indiscreta. Los pueblos originarios en el cine ficción y documental chileno bajo la mirada de una antropología visual, (Fondecyt, 2003) en colaboración con el Museo Chileno de Arte Precolombino; Los pioneros Valck, un siglo de fotografía en el sur de Chile. (Fondart, 2005); La representación de las alteridades: fotografía de los indígenas del Norte Grande (1911 – 1993), (Fondecyt 2005). Ha obtenido fondos para la publicación de diversos libros sobre las investigaciones citadas con el Fondo Nacional de Fomento del Libro y la Lectura, Consejo Nacional de la Cultura y las Artes. También ha obtenido fondos para Proyectos de Incentivo a la Cooperación Internacional Fondecyt, que han permitido la visita y el trabajo con diversos Academicos como el Doctor Peter Mason Amsterdam School for Cultural Analysis, Holanda y la Doctora Mariana Giordano, Universidad de Nordeste, Resistencia – Conicet, Argentina. En otra línea de investigación interdisciplinaria se encuentran sus proyectos de investigación: El patrimonio cerámico mapuche: pasado y presente desde una perspectiva arqueoestética, (Fondecyt, 1995); Poblaciones Agroalfareras tempranas en el ámbito lacustre precordillerana: el caso del lago Calafquén (IX y X Región), (Fondecyt, 1997), así como diversas investigaciones sobre las tradiciones y expresiones textiles de la cultura mapuche, tanto etnográficas como contemporáneas.
Entre sus publicaciones destacan Fotografía mapuche Siglo XIX y XX. Construcción y montaje de un imaginario. Pehuén Editores, Santiago, 2001; Mapuche. Construcción y montaje de un imaginario. Catálogo Museo Isaac Fernández Blanco. Buenos Aires. 2004; Revelando el Rollo. Número monográfico sobre la fotografía en Chile. Revista Patrimonio Cultural Nº 36. DIBAM, Santiago. 2005; Los pioneros Valck. Un siglo de fotografía en Chile. Volumen I, Colección Relatos del Ojo y la Cámara. Pehuén Editores. Santiago. 2005; .La ventana Indiscreta. La imagen del nativo en el cine de ficción y documental chileno. Cinco Notas Documentales. DVD. Museo Chileno de Arte Precolombino, Santiago. 2005; .La imagen del nativo en el cine de ficción y documental chileno. Número Monográfico de Antropología Visual. Boletín Nº 1 Volumen 11. Museo Chileno de Arte Precolombino, Santiago. 2006; Rodolfo Knittel. Fotógrafo y viajero en el sur de Chile. Volumen II, Colección Relatos del Ojo y la Cámara. Pehuén Editores. Santiago. 2006; Jorge Opazo, fotografía, retrato y poder. Volumen III, Colección Relatos del Ojo y la Cámara. Pehuén Editores. Santiago. 2007; Fueguinos. Fotografías siglos XIX y XX. Imágenes e imaginarios del Fin del Mundo. Pehuén Editores. Santiago. 2007; Roberto Gerstmann. Fotografía, geografía y paisaje al Sur de América. Volumen IV, Colección Relatos del Ojo y la Cámara. Pehuén Editores. Santiago. 2008; Dossier “Estética, alteridad y fotografía”. Revista Aisthesis Nº 46. Instituto de Estética. Pontificia Universidad Católica de Chile. Santiago. 2009; “Fueguinos. Tres Tiempos, Tres Miradas. Fotografías de Tierra del Fuego Siglos XIX y XX”. Catálogo. Museo de Arte Hispanoamericanos Isaac Fernández Blanco, Buenos Aires. 2010; Catálogo Exposición Memoria Visual e Imaginario. Fotografías de pueblos originarios. Siglos XIX – XXI. Museo de la Memoria e Instituto Estética, Pontificia Universidad Católica de Chile. Pehuén Editores, Santiago. 2011. Andinos. Fotografías siglos XIX y XX. Visualidades e Imaginarios del desierto y el altiplano. Pehuén Editores, Santiago. 2012. Como Editora ha publicado junto a la Antropóloga María Paz Bajas Dentro y Fuera de Cuadro. Pehuén Editores. 2015 y junto a otros profesionales e libro Patrimonio y Pueblos Indígenas, pehuén Editores, Santiago. 2016.
Como trabajo curatorial sobresalen exposiciones como: Mapuche. Construcción y montaje de un imaginario. Museo Isaac Fernández Blanco. Buenos Aires. 2004; Tres tiempos, tres miradas. Fotógrafos de Tierra del Fuego, siglos XIX – XXI. Museo Regional. Punta Arenas. 2008; Fueguinos. Tres tiempos, tres miradas. Fotografías de Tierra del Fuego, siglos XIX y XX. Museo de Arte Hispano Americano Isaac Fernández Blanco, Buenos Aires. 2010; Mapuche. Fotografías Siglo XIX y XX. Pose y escenario en la representación visual de la alteridad. Museo Nacional de Historia Natural. Santiago, 2011 y Memoria Visual e Imaginario. Fotografías de pueblos originarios. Siglos XIX – XXI. Museo de la Memoria e Instituto Estética, Pontificia Universidad Católica de Chile.
"La maestría de la imagen fotográfica. Entrevista a Margarita Alvarado". Gastón Carreño y María Paz Bajas. Revista Chilena de Antropología Visual. Número 19. Santiago, Julio 2012. pp. 176-192.